南院は東大寺の南院に住していた、子島真興僧都の建立。本尊浪切不動明王(重文）は、空海が唐から帰国の際、荒波を鎮めたという伝承をもっています。初め伽藍山王院に安置されていましたが、南院住職維範大徳の時（平安時代）に当院に移されました。将門の乱、元寇の役など国難のたびに霊威を示され、今尚、現世の「祈り」に徹する者には、絶大な御霊験を与えてくださいます。

御本尊は山外不出の秘仏で、6月28日のみ御開帳します。

当本堂は「祈り」の中心、護摩修行の道場です。